رهبر عالیقدر حضرت آیت الله سید على خامنه اى فرزند مرحوم حجت الاسلام والمسلمین حاج سید جواد حسینى خامنه‌اى، در 1318 شمسی برابر 1358 قمرى در مشهد مقدس چشم به دنیا گشود. ایشان دومین پسر خانواده هستند. زندگى سید جواد خامنه اى مانند بیشتر روحانیون و مدرسّان علوم دینى، بسیار ساده بود. همسر و فرزندانش نیز معناى عمیق قناعت و ساده زیستى را از او یاد گرفته بودند و با آن خو داشتند.
رهبر بزرگوار در ضمن بیان نخستین خاطره هاى زندگى خود از وضع و حال زندگى خانواده شان چنین مى‌گویند:
«پدرم روحانى معروفى بود، امّا خیلى پارسا و گوشه گیر... زندگى ما به سختى مى گذشت. من یادم هست شب هایى اتفاق مى افتاد که در منزل ما شام نبود! مادرم با زحمت براى ما شام تهیّه مى کرد و... آن شام هم نان و کشمش بود.»
امّا خانه اى را که خانواده سیّد جواد در آن زندگى مى کردند، رهبر انقلاب چنین توصیف مى کنند:
«منزل پدرى من که در آن متولد شده ام، تا چهارـ پنج سالگى من، یک خانه 60 ـ 70 مترى در محّله فقیر نشین مشهد بود که فقط یک اتاق داشت و یک زیر زمین تاریک و خفه اى! هنگامى که براى پدرم میهمان مى آمد (و معمولاً پدر بنا بر این که روحانى و محل مراجعه مردم بود، میهمان داشت) همه ما باید به زیر زمین مى رفتیم تا مهمان برود. بعد عدّه اى که به پدر ارادتى داشتند، زمین کوچکى را کنار این منزل خریده به آن اضافه کردند و ما داراى سه اتاق شدیم.»
رهبرانقلاب از دوران کودکى در خانواده اى فقیر امّا روحانى و روحانى پرور و پاک و صمیمی، اینگونه پرورش یافت و از چهار سالگى به همراه برادر بزرگش سید محمد به مکتب سپرده شد تا الفبا و قرآن را یاد بگیرند. سپس، دو برادر را در مدرسه تازه تأسیس اسلامى «دارالتعّلیم دیانتى» ثبت نام کردند و این دو دوران تحصیل ابتدایى را در آن مدرسه گذراندند.
در حوزه علمیه

ایشان از دوره دبیرستان، خواندن «جامع المقدمات» و صرف و نحو را آغاز کرده بود. سپس از مدرسه جدید وارد حوزه علمیه شد و نزد پدر و دیگر اساتید وقت ادبیات و مقدمات را خواند.
درباره انگیزه ورود به حوزه علمیه و انتخاب راه روحانیت مى گویند: «عامل و موجب اصلى در انتخاب این راه نورانى روحانیت پدرم بودند و مادرم نیز علاقه مند و مشوّق بودند».
ایشان کتب ادبى ار قبیل «جامع المقدمات»، «سیوطى»، «مغنى» را نزد مدرّسان مدرسه «سلیمان خان» و «نوّاب» خواند و پدرش نیز بر درس فرزندانش نظارت مى کرد. کتاب «معالم» را نیز در همان دوره خواند. سپس «شرایع الاسلام» و «شرح لمعه» را در محضر پدرش و مقدارى را نزد مرحوم «آقا میرزا مدرس یزدى» و رسائل و مکاسب را در حضور مرحوم حاج شیخ هاشم قزوینى و بقیه دروس سطح فقه و اصول را نزد پدرش خواند و دوره مقدمات و سطح را بطور کم سابقه و شگفت انگیزى در پنچ سال و نیم به اتمام رساند. پدرش مرحوم سید جواد در تمام این مراحل نقش مهّمى در پیشرفت این فرزند برومند داشت. رهبر بزرگوار انقلاب، در زمینه منطق و فلسفه، کتاب منظومه سبزوار را ابتدا از «مرحوم آیت الله میرزا جواد آقا تهرانى» و بعدها نزد مرحوم «شیخ رضا ایسى» خواندند.
 در حوزه علمیه نجف اشرف

آیت الله خامنه اى که از هیجده سالگى در مشهد درس خارج فقه و اصول را نزد مرجع بزرگ مرحوم آیت الله العظمى میلانى شروع کرده بودند. در سال 1336 به قصد زیارت عتبات عالیات، عازم نجف اشرف شدند و با مشاهده و شرکت در درسهاى خارج مجتهدان بزرگ حوزه نجف از جمله مرحوم سید محسن حکیم، سید محمود شاهرودى، میرزا باقر زنجانى، سید یحیى یزدى، و میرزا حسن بجنوردى، اوضاع درس و تدریس و تحقیق آن حوزه علمیه را پسندیدند و ایشان را از قصد خود آگاه ساختند. ولى پدر موافقت نکرد. پس از مدّتى ایشان به مشهد باز گشتند.
 در حوزه علمیه قم

آیت الله خامنه اى از سال 1337 تا 1343 در حوزه علمیه قم به تحصیلات عالى در فقه و اصول و فلسفه، مشغول شدند و از محضر بزرگان چون مرحوم آیت الله العظمى بروجردى، امام خمینى، شیخ مرتضى حائرى یزدى وعلـّامه طباطبائى استفاده کردند. در سال 1343، از مکاتباتى که رهبر انقلاب با پدرشان داشتند، متوجّه شدند که یک چشم پدر به علت «آب مروارید» نابینا شده است، بسیار غمگین شدند و بین ماندن در قم و ادامه تحصیل در حوزه عظیم آن و رفتن به مشهد و مواظبت از پدر در تردید ماندند. آیت الله خامنه اى به این نتیجـه رسیدند که به خاطر خدا از قــم به مشهد هجرت کنند واز پدرشان مواظبت نمایند. ایشان در این مـورد مى گویند:
«به مشهد رفتم و خداى متعال توفیقات زیادى به ما داد. به هر حال به دنبال کار و وظیفه خود رفتم. اگر بنده در زندگى توفیقى داشتم، اعتقادم این است که ناشى از همان بّرى «نیکى» است که به پدر، بلکه به پدر و مادر انجام داده ام». آیت الله خامنه اى بر سر این دو راهى، راه درست را انتخاب کردند. بعضى از اساتید و آشنایان افسوس مى خوردند که چرا ایشان به این زودى حوزه علمیه قم را ترک کردند، اگر مى ماندند در آینده چنین و چنان مى شدند!... امّا آینده نشان داد که انتخاب ایشان درست بوده و دست تقدیر الهى براى ایشان سر نوشتى دیگر و بهتر و والاتر از محاسبات آنان، رقم زده بود. آیا کسى تصّور مى کرد که در آن روز جوان عالم پراستعداد 25 ساله، که براى رضاى خداوند و خدمت به پدر و مادرش از قم به مشهد مى رفت، 25 سال بعد، به مقام والاى ولایت امر مسلمین خواهد رسید؟! ایشان در مشهد از ادامه درس دست برنداشتند و جز ایام تعطیل یا مبازره و زندان و مسافرت، به طور رسمى تحصیلات فقهى و اصول خود را تا سال 1347 در محضر اساتید بزرگ حوزه مشهد بویژه آیت الله میلانى ادامه دادند. همچنین ازسال 1343 که در مشهد ماندگار شدند در کنار تحصیل و مراقبت از پدر پیر و بیمار، به تدریس کتب فقه و اصول و معارف دینى به طلـّاب جوان و دانشجویان نیز مى پرداختند.
 مبارزات سیاسى

آیت الله خامنه اى به گفته خویش «از شاگردان فقهى، اصولى، سیاسى و انقلابى امام خمینى (ره) هستند» امـّا نخستین جرقـّه هاى سیاسى و مبارزاتى و دشمنى با طاغوت را مجاهد بزرگ و شهید راه اسلام شهید «سید مجتبى نوّاب صفوى» در ذهن ایشان زده است، هنگامیکه نوّاب صفوى با عدّه اى از فدائیان اسلام در سال 31 به مشهد رفته در مدرسه سلیمان خان، سخنرانى پر هیجان و بیدار کننده اى در موضوع احیاى اسلام و حاکمیت احکام الهى، و فریب و نیرنگ شاه و انگلیسى و دروغگویى آنان به ملـّت ایران، ایراد کردند. آیت الله خامنه اى آن روز از طـّلاب جوان مدرسه سلیمان خان بودند، به شدّت تحت تأثیر سخنان آتشین نوّاب واقع شدند. ایشان مى گویند: «همان وقت جرقه هاى انگیزش انقلاب اسلامى به وسیله نوّاب صفوى در من به وجود آمده و هیچ شکى ندارم که اولین آتش را مرحوم نوّاب در دل ما روشن کرد».
 همراه با نهضت امام خمینى (قدس سره)

آیت الله خامنه اى از سال 1341 که در قم حضورداشتند و حرکت انقلابى واعتراض آمیز امام خمینى علیه سیاستهاى ضد اسلامى و آمریکا پسند محمد رضا شاه پهلوى، آغاز شد، وارد میدان مبارزات سیاسى شدند و شانزده سال تمام با وجود فراز و نشیب هاى فراوان و شکنجه ها و تعبیدها و زندان ها مبارزه کردند و در این مسیر ازهیچ خطرى نترسیدند. نخستین بار در محرّم سال 1383 از سوى امام خمینى (قدس سره) مأموریت یافتند که پیام ایشان را به آیت الله میلانى و علماى خراسان در خصوص چگونگى برنامه هاى تبلیغاتى روحانیون در ماه محرّم و افشاگرى علیه سیاست هاى آمریکایى شاه و اوضاع ایران و حوادث قم، برسانند. ایشان این مأموریت را انجام دادند و خود نیز براى تبلیغ، عازم شهر بیرجند شدند و در راستاى پیام امام خمینى، به تبلیغ و افشاگرى علیه رژیم پهلوى و آمریکا پرداختند. بدین خاطر در 9 محرّم «12 خرداد 1342» دستگیر و یک شب بازداشت شدند و فرداى آن به شرط اینکه منبر نروند و تحت نظر باشند آزاد شدند. با پیش آمدن حادثه خونین 15خرداد، باز هم ایشان را از بیرجند به مشهد آورده، تحویل بازداشتگاه نظامى دادند و ده روز در آنجا با سخت ترین شرایط و شکنجه و آزارها زندانى شدند.
 دوّمین بازداشت

در بهمن 1342 - رمضان 1383- آیت الله خامنه اى با عدّه اى از دوستانشان براساس برنامه حساب شده اى به مقصد کرمان حرکت کردند. پس از دو ـ سه روز توقف در کرمان و سخنرانى و منبر و دیدار با علما و طلـّاب آن شهر، عازم زاهدان شدند. سخنرانى ها و افشاگرى هاى پرشور ایشان بویژه درایـّام ششم بهمن ـ سالگرد انتخابات و رفراندوم قلـّابى شاه ـ مورد استقبال مردم قرار گرفت. در روزپانزدهم رمضان که مصادف با میلاد امام حسن (ع) بود، صراحت و شجاعت و شور انقلابى ایشان در افشاگرى سیاستهاى شیطانى و آمریکایى رژیم پهلوى، به اوج رسید و ساواک شبانه ایشان را دستگیر و با هواپیما روانه تهران کرد. رهبر بزرگوار، حدود دو ماه ـ به صورت انفرادى ـ در زندان قزل قلعه زندانى شدند و انواع اهانت ها و شکنجه ها را تحمّل کردند.